Музей открыт 29 марта 1980 года как сегежский краеведческий музей на общественных началах. 

 Музей создавали сегежские краеведы: учителя, работники культуры, военнослужащие. Основные коллекции собирались буквально по крупицам на энтузиазме сотрудников во время их многочисленных экспедиций по Сегежскому, Беломорскому и Медвежьегорскому районам. Ценные исторические реликвии передавались музею собственными сотрудниками и сегежанами.

 Фото 1950-е гг.

23 августа 1983 года музей занял помещения в одном из старейших зданий в историческом центре города. На протяжении своей истории он являлся филиалом Карельского государственного краеведческого музея, сегежским  районным музеем, сегежским историко-культурным музейно-образовательным центром. В настоящее время Музейный Центр г. Сегежи — муниципальное бюджетное учреждение.

В собрании музея — около 10 тысяч единиц хранения. Среди них – предметы этнографии и археологии, живописи, нумизматики, исторические документы. Музей – своеобразное исследовательское и образовательное учреждение, место общения и выставочная площадка для творчества сегежан. Постоянная экспозиция музея посвящена культурно-историческому наследию Выгозерья. Музей ежегодно организовывает сам и принимает около пятнадцати временных выставок от различных музеев и творческих организаций, частных лиц.

 Цель создания любого музея – сохранение памяти, а краеведческого – сохранения исторической памяти, культурного наследия своего родного, неповторимого места. Наш девиз – «Новый взгляд на привычный мир!». Мы хотим помочь по-новому взглянуть, оценить, полюбить место, где проходит жизнь сегежан. Музей, созданный с помощью энтузиастов, живет и работает для людей, и только совместными усилиями музея и жителей города, района осуществляется его основное предназначение — сохранение культурно-исторического наследия нашего края. Стремление Музейного Центра – сохранить историческую память, заставить историю жить и неустанно напоминать нам о том, что каждый наш день тоже уходит в историю. И, наверное, далеко не всем безразлично, чем история вспомнит нас.

Руководители музея:

• Неменок Валентина Андреевна – 1985-1991 гг.
• Кошелева Ирина Сергеевна – 1991-1999 гг.
• Новицкая Светлана Николаевна – 1999-2006 гг.
• Змеева Галина Петровна – с 2006 г.